Aufgrund des großen Verlustes von neun Schiffen auf seinen Reisen, verlor Christoph Kolumbus seinen Ruf als Held und Eroberer. Daher zog er sich in seinen letzten Jahren aus der Öffentlichkeit zurück. Kolumbus war sehr wohlhabend, was ihn aber nicht daran hinderte König Ferdinand II. hartnäckig um Wiederherstellung seiner Vergünstigungen und um finanzielle Förderungen zu bitten, die ihm bei der Kapitulation von Santa Fe zugesichert wurden. Diese Vorzüge wurdem ihm jedoch nicht gewährt.
Mit den Worten „In manus tuas, domine, commendo spiritum meum" (Herr, in deine Hände befehle ich meinen Geist) starb Kolumbus am 20. Mai 1506 in Valladolid. Er wurde ca. 55 Jahre alt. Der Grund für seinen Tod ist umstritten. Laut einigen Historikern sind mögliche Ursachen Arthritis, Diabetes oder Syphilis.
Nachdem der Leichnam in Sevilla begraben wurde, äußerte 1542 sein Sohn Diego den Wunsch, ihn nach Santo Domingo zu bringen. Die Knochen von Kolumbus blieben dort bis 1795. Dies war die Zeit als die Franzosen die Insel zu ihrer Kolonie machten. Aus diesem Grund brachte man die Überreste von Kolumbus nach Kuba, wo sie in der Kathedrale von Havanna beigesetzt wurden. Seine Überreste wurden 1898 erneut aus dem Grab gehoben und zurück nach Sevilla gebracht. Ein Jahr später wurden sie schließlich wieder bestattet.